Höffner war das älteste von insgesamt acht Geschwistern. Seine Schulbildung führte ihn zunächst nach Montabaur, dann nach Trier, wo er 1926 sein Abitur machte. Am Trierer Priesterseminar erkannte man schnell Höffners intellektuelle Begabung und schickte ihn zum Studium nach Rom.

Hier begann er eine steile Karriere, die ihm bereits 1929 den erstenDoktortitel einbrachte. Bis 1940 promovierte er noch drei weitere Male, wobeier sich neben der Theologie zuletzt auch der Volkswirtschaftslehre zuwandte.Nach seiner Habilitation 1944 trat Höffner eine Professur für Pastoraltheologiein Trier an, um ab 1951 an der Münsteraner Universität christlicheSozialwissenschaften zu lehren. Seine Bücher, darunter ein Standardwerk zur christlichen Gesellschaftslehre, wurden in mehrere Sprachen übersetzt.

Parallel zur wissenschaftlichen Laufbahn ging Höffner seiner Berufung als Geistlicher nach: 1932 zum Priester geweiht, betreute er bis 1945 nacheinander insgesamt drei Gemeinden im Saar-Mosel-Raum. Während der nationalsozialistischen Herrschaft nutzte er unter anderem auch sein Horhausener Elternhaus, um zusammen mit seiner Schwester jüdische Mitbürger heimlich zu verstecken und so vor der Deportation zubewahren. Als christlicher Sozialethiker und Volkswirt fand er nach dem Krieg Einlass in die wissenschaftlichen Beiräte mehrerer Bundesministerien und nahm so Einfluss auf die Sozialpolitik der Adenauer-Ära.

1962 wurde Joseph Höffner von PapstJohannes XXIII. zum Bischof von Münster berufen und folgte 1969 Kardinal Frings auf den Kölner Bischofsstuhl. 1976 wählten ihn seine Amtskollegen zum Vorsitzenden der Deutschen Bischofskonferenz. Damit wurde Höffner in gesellschaftlichen, wie politischen Fragen zum einflussreichsten Vertreter der katholischen Kirche in Deutschland. Die vielfältigen Ämter und Aufgaben nahm er bis kurz vor seinemTod wahr, der ihn 1987 in Köln ereilte. Höffner wurden schon zu Lebzeiten zahlreiche Ehrungen zuteil. 2004 widmete ihm auch sein Geburtsort Horhausen ein bronzenes Denkmal.