Zur Untersuchung der MRSA-Kolonisation ist bei Kindern zumindestens ein Abstrich beider Nasenvorhöfe (mit einem Tupfer) abzunehmen. Die hierfür am besten geeigneten Tupfer und Transportmedien sollten mit dem mikrobiologischen Labor abgestimmt werden. Zusätzlich sollten ekzematöse Hautläsionen und (schlecht heilende) Wunden untersucht (abgestrichen) werden. Wird aus medizinischen Gründen eine Dekolonisation angestrebt bzw. ist eine solche Intervention bereits zum Zeitpunkt des Screenings absehbar, sollte ein (Peri-)Analabstrich oder eine Stuhlprobe mit untersucht werden, um eine Besiedlung des Gastrointestinaltraktes zu detektieren.