Zurzeit gibt es keine Untersuchung, die einen positiven Effekt einer Antibiotikatherapie auf die Besiedlung des Darms mit MRGN-Bakterien belegt. In Studien an ESBL-besiedelten Patienten konnten nach Beendigung der Behandlung kurze Zeit später wieder ESBL-Bildner aus dem Stuhl der betroffenen Patienten nachgewiesen werden. Grundsätzlich sollte daher keine prophylaktische Sanierung des Darms mit Antibiotika durchgeführt werden, weil die unnötige Behandlung den Selektionsdruck auf die Bakterien weiter erhöht und eventuell zur Selektion von resistenten Bakterien führen kann.