Die Bezeichnung Methicillin-resistent umschreibt eine Kreuzresistenz von MRSA gegenüber allen derzeit auf dem Markt befindlichen Betalactam-Antibiotika (Penicilline, Cephalosporine und Carbapeneme). Die klassischen im Krankenhaus erworbenen MRSA weisen häufig einen oder mehrere zusätzliche Resistenzmechanismen auf. Bei nahezu allen ha-MRSA findet sich eine Resistenz gegenüber Chinolonen. Resistenzen gegen Makrolide, Tetrazykline und Aminoglykoside treten ebenfalls häufiger auf.
Die meisten der derzeit in Deutschland beobachteten ca-MRSA weisen deutlich weniger Resistenzen auf. Für manche ca-MRSA-Stämme kann die Resistenz gegen das lokal angewendete Antibiotikum Fusidinsäure als Hinweis genutzt werden.