Bei Verdacht auf eine Infektion können durch eine mikrobiologische Untersuchung von Patientenproben (z.B. Abstriche, Urin) MRGN-Erreger im Labor erkannt werden. Zum Nachweis einer Besiedlung mit MRGN-Bakterien im Darm (am häufigsten) wird ein tiefer Rektalabstrich durchgeführt.